Los mejores ocho de la primera ronda clasificaron a los cuadrangulares semifinales, con enfrentamientos de ida y vuelta, el primero de cada grupo clasificó a la final para definir al campeón.

[2]​ Todo lo concerniente a un empate de puntos al finalizar el todos contra todos entre dos clubes, se dilucidó en favor del club que tuvo mejor diferencia de goles a favor.

Si persistía, se tomó en cuenta quien haya marcado más goles a favor; si el empate era entre tres o más clubes, se definía en favor del club que tuvo más puntos obtenidos solo entre los cruces de los clubes involucrados.

[4]​ Fuente: FlashscoreLa segunda fase del Torneo Clausura 2024 fueron los cuadrangulares semifinales.

Los dos primeros de la fase todos contra todos fueron cabezas de los grupos A y B, respectivamente, mientras que los seis equipos restantes fueron sorteados según su posición para integrar los dos grupos.