El Torneo Argentino A 1998-99 fue la cuarta edición de este torneo, correspondiente a la tercera división del fútbol argentino.

Por otra parte, cada equipo ubicado en la última colocación de las zonas de la Primera Fase disputaría una reválida con equipos provenientes del Argentino B.

En la zona campeonato, los equipos se agruparon en 2 zonas de 6 equipos cada una, donde los ganadores de los 2 grupos obtenían el ascenso a la Primera B Nacional.

En cada serie de la "zona permanencia", cada equipo disputaría un partido final y el equipo perdedor perdería la categoría, descendiendo al Torneo Argentino B.

El torneo fue disputado por los 2 últimos de la Primera Fase y 2 clasificados del Argentino B.