Este torneo representó un cambio importante en la competición ya que la Federación Mexicana de Fútbol obligó a que cada uno de los 18 clubes de la Primera División contara con un equipo filial en la Primera A, por lo que la liga aumentó hasta los 24 equipos por lo que hubo bastantes cambios respecto al torneo anterior.

En la fase de calificación participaron 24 clubes de la Primera División A profesional jugando todos contra todos durante las 17 jornadas respectivas, a un solo partido.

Tras la fase de reclasificación los equipos clasificados a cuartos de final por el título serán 8; estos se ordenarán según su posición general en la tabla, si alguno más bajo eliminara a uno más alto, los equipos se recorrerán según su lugar obtenido.

En este torneo el club que ganara el título obtiene su derecho de ser necesario el juego de ascenso a Primera División Profesional; para que tal juego se pueda efectuar deberá haber un ganador distinto en el Torneo Clausura 2007, en caso de que el campeón vigente lograra ganar dicho campeonato, ascenderá automáticamente sin necesidad de jugar esta serie.

En negritas se encuentran resaltados los clubes que sí contaban con derecho al ascenso en el Torneo Apertura 2006.