Por otro lado, los dos equipos que ocuparon los últimos lugares de cada grupo en la Fase Regular, Juventud Padre Hurtado y Corporación Ñuñoa, fueron relegados a su Asociación de Origen al final del Campeonato.

En esta versión del Torneo, participaron 18 equipos, con jugadores nacionales menores de 23 años.

En la Segunda fase, los equipos clasificados del Grupo Centro enfrentan a los clasificados del Grupo Sur, en partidos de ida y vuelta, pasando a la siguiente fase los ganadores de cada enfrentamiento.

Los ganadores jugarán en la tercera categoría del fútbol chileno durante la temporada 2010.

A principios del año 2010, el equipo AGC - Provincial se retira de la competencia de Tercera A, dejando un cupo libre, que fue disputado por los clubes Deportes Santa Cruz y Provincial Talagante, y que finalmente ganó el elenco talagantino.