Las minimotos se quedaron pequeñas para el joven Elías, que decidió junto a su familia probar suerte en las carreras de scooters.

En los tres años sucesivos, 1995, 1996 y 1997, tuvo actuaciones brillantes con los scooters, ese mismo año disputó también el recién creado Open RACC de 50cc con una Yamaha TZR 50.

Su actuación esa temporada le sirvió para hacerse un sitio la temporada siguiente en la estructura que el expiloto Alberto Puig creó para el Mundial de 125cc, el Telefónica Movistar Junior Team a bordo de una Honda RS125.

Toni sacó a relucir su talento en el MoviStar Júnior Team en 2001 y en el Gran Premio de Francia Elías subió a un podio del Mundial por primera vez en su carrera deportiva, en el Gran Premio de los Países Bajos, Toni alcanzó su primera victoria en el mundial.

A finales de 2010 se convierte en el nuevo piloto oficial del equipo Team LCR-Honda para la temporada 2011.

Siguió cosechando resultados similares, lo que le llevaron a finalizar la temporada en el puesto 9.º, con un total de 171 puntos.

A final de temporada, se confirmó su fichaje por el equipo BMW JR Racing dirigido por el excampeón de la categoría Troy Corser, pero no llegó a comenzar el Campeonato por diferentes problemas económicos en el acuerdo del equipo con la marca alemana.

No obstante, el equipo NGM Forward Racing contactó con Elías para sustiur a Claudio Corti en las cinco últimas carreras del Mundial de MotoGP 2015.

En marzo de 2016, el equipo Yoshimura Suzuki Factory Racing confirmó que Elías sustituiría por lesión al piloto Jake Lewis.

Consiguió cuatro victorias más, además de varios podios y finalizó la temporada tercero.

Temporada que empezó muy similar al año anterior, venciendo las dos mangas en Las Américas y consiguiendo otra victoria, además de un segundo puesto, en el circuito Road Atlanta.

Cosechó cinco victorias consecutivas, Road America, dos en Utah Motorsports Campus y otras dos en Laguna Seca.