Tomasz Nawotka comenzó en el Concordia Elbląg, disputando partidos en la categoría junior hasta ser traspasado al Sokół Ostróda en 2012.

[1]​ Continuó en las categorías inferiores del club hasta ser fichado por el Legia de Varsovia en 2014,[2]​ pasando dos años en el Legia II hasta ser ascendido al primer equipo en verano de 2016.

[3]​ En el mercado de verano del mismo año, la entidad polaca opta por ceder a Nawotka al MFK Zemplín Michalovce de la Superliga de Eslovaquia, jugando para el club eslovaco hasta 2019.

[7]​[8]​ El 9 de julio de 2019 retornaría a Sosnowiec para jugar hasta 2020 como préstamo para el conjunto silesio.

[9]​[10]​ En agosto de 2020 pasaría a formar parte del plantel del ŁKS Łódź de la I Liga de Polonia, también como cedido.