Tom ha mantenido un gran secreto a su mujer del que sólo su padre, Rodney Scavo, conoce.
En el final de la segunda temporada se reveló que al parecer había concebido a su hija, una niña llamada Kayla Huntington.
Esto es una novedad para Tom ya que la noche se llevó a cabo alrededor de trece años atrás y Nora nunca le había dicho nada acerca de su embarazo.
Su plan es mostrar apoyo a Tom, y hacerle subir la tensión de Lynette.
Su matrimonio sigue disminuyendo ya que Lynette no le habla a Tom durante cinco días.
En un intento por reconstruir su matrimonio, Tom recibe a su antiguo amigo del colegio y consejero matrimonial para tratar de hablar con ellos sin que Lynette lo sepa, pero ella vigila las sospechosas acciones de Tom y se muestra aún más frustrada con él en su "terapia emboscada".
Entonces Tom mete a Lynette de nuevo en la cama, y se lastima su espalda.
Ella se va al hospital por su lesión y Tom descubre que Lynette despidió a Rick.
El médico realiza una tomografía axilar a Lynette y encuentra que los ganglios linfáticos están hinchados y le sugiere hacer una biopsia, ya que podría ser el linfoma (un tipo de cáncer).
Mientras tanto, en el tercer episodio llamado "El Juego", Tom asiste a una pequeña reunión organizada por Susan, Lynette estaba invitada también, sin embargo, ella se queda en casa porque está enferma, la madre de Lynette, Stella, se siente mal por ella y recibe una marihuana en secreto que pertenece a Andrew y con ella hornea unos brownies de manera que las cosas sean más fáciles para su hija y ya no se sienta enferma.
Stella llega y le dice a Tom que por más que quiera no puede tener uno de los brownies y Tom decide retirarse antes de que todo el mundo pueda comer, pero termina por empujar accidentalmente a Gabrielle y al nuevo residente Adam Mayfair, el cual derrama todo su vino.
Hecho que causa una riña entre Gabrielle y la esposa de Adam, Katherine Mayfair.
Más tarde, Tom aparece al final del episodio cuando Lynette descubre la verdad acerca de lo que le hizo Stella.
Si bien todo el mundo está dormido Lynette se escabulló en la noche, tomó el gato de Ida y subió a la planta alta para dejar al gato lo más posible alejado de Tom.
Tom se lo negó; para luego ella encuentra una envoltura del condón en el suelo.
Lynette consigue un nuevo trabajo y en el final de la quinta temporada, Tom decide ir a la universidad para aprender chino.
Aunque parezca increíble, Tom logró acertar en las cinco primeras preguntas del examen a pesar de estar con resaca.
Después de una gran discusión, Lynette la despide pero Tom lo anula, diciéndole que ella se va a quedar.
Renee Perry estando borracha le revela a Susan que una vez se acostó con Tom.
Renee al final se lo confiesa a Lynette, revelando que el asunto tuvo lugar cuando ella y Tom estaban comprometidos, pero durante una de sus habituales "rupturas".
Lynette está naturalmente molesta, pero lo mantiene silencioso y comienza una serie de bromas contra Tom como una venganza.
Ambos les cuentan a los niños que planean un viaje familiar, pero no se ponen de acuerdo con la elección del destino; esto solo lleva a otra pelea entre ellos, esta vez sin embargo, se insultan enfrente de sus hijos.