Nacido en una familia pobre, Tomáš debía trabajar para pagar sus estudios en el instituto.

En 1951 Špidlík fue a Roma como ‘director espiritual’ de los seminaristas checos (en el 'Collegio Nepomuceno') y colaboró con el programa checo de la Radio Vaticana.

Sus manuales están autorizados, en particular uno que se ocupa de la Espiritualidad y oración del Oriente Cristiano.

En 1992, fundó el Centro Aletti (en Roma), un centro jesuita para el estudio de la tradición del Oriente cristiano en relación con los problemas del mundo contemporáneo.

El centro, gracias en parte a su taller de mosaico religioso, es un lugar importante de contactos entre el Oriente católico y ortodoxo.