[1]​ Los Mets de Nueva York firmaron a Pérez como agente libre en el 2000.

Conectó un sencillo al jardín central como bateador emergente contra el lanzador relevista de los Cardenales Dave Veres y luego fue puesto out al tratar de robar la segunda base.

[3]​[4]​ En total, jugó 5 partidos en la Serie Mundial para los Mets, y conectó dos hits en 17 turnos al bate.

En dos temporadas con los Medias Blancas de Chicago, bateó .235 en 179 juegos.

En su primer turno al bate con los Cardenales, fue golpeado en la cabeza con un lanzamiento.

Pérez comenzó la temporada con el equipo de Triple-A Toledo Mud Hens, donde su buen desempeño le valió un puesto en el equipo All Star 2007 de la International League.

En el momento que fue llamado a filas por los Tigres, estaba liderando la International League en hits, carreras y dobles, y fue segundo en promedio de bateo.

Jugó con Toledo Mud Hens para todo el 2008 y se convirtió en agente libre al final de la temporada, pero volvió a firmar con los Tigres en enero de 2009.