Durante muchos siglos la zona fue disputada entre distintas tribus nómadas para controlar la ruta transahariana.

Tifariti no conserva ninguna construcción permanente hasta las primeras construcciones a mediados del siglo XX iniciadas en esta región para impedir las acciones armadas de las tropas marroquíes.

La parte interior como la región de Tifariti no sería controlada hasta bien entrado el siglo XX.

Los edificios anexos lo constituían la escuela, el almacén y una caseta para el generador eléctrico, además de un huerto.

[1]​ Tras la invasión del Sahara Español por Marruecos, la ciudad fue el lugar de varios enfrentamientos entre tropas marroquíes y del Frente Polisario durante la guerra que los enfrentó entre 1975 y 1991, en los que sirvió de base militar y fortaleza para ambas partes en diversos puntos de la guerra.

Estas dependencias fueron bombardeadas y prácticamente destruidas por la aviación marroquí en 1991, en el ataque más importante que tuvo lugar antes del fin de la guerra.

[3]​ En octubre de 2002, el Frente Polisario realizó en Tifariti su XI Congreso, eligiendo a los miembros de su Secretariado Nacional y del parlamento en el exilio del Consejo Nacional Saharaui, reeligiendo también a Mohamed Abdelaziz como secretario general.

Desde entonces, ha sido la sede habitual de los Congresos del Frente Polisario y diversas conmemoraciones saharauis.

En 2013, se funda la Universidad de Tifariti,[4]​ siendo su primer rector Jatari Hamudi Abdulah.

En el lugar se encuentran pinturas rupestres de importancia, conocidas como el mejor legado del neolítico sahariano.