Anteriormente era conocida como "las ciudades gemelas de Fort William y Port Arthur".

[3]​ La ciudad toma su nombre de la gran bahía en la cabecera del Lago Superior, conocida en el siglo XVIII como "Baie du Tonerre" (Bahía del Trueno en francés) en los mapas franceses.

Los asentamientos europeos en Thunder Bay comenzaron con dos puestos para el comercio de pieles franceses (1679, 1717) mismos que fueron abandonados posteriormente.

Hasta los años 1880, Port Arthur era una comunidad más vasta y dinámica, pero la CPR con colaboración de la Hudson's Bay Company prefirió Fort William al este, localizado en la parte baja del río Kaministiquia dónde se encontraban los puestos comerciales de pieles.

Provocada más adelante por una prolongada disputa de impuestos con Porth Arthur y por una locomotora confiscada en 1889, la CPR trasladó todo su personal e instalaciones a Fort William.

La Canadian Northern Railway (ferrocarriles del norte de Canadá) estableció sus instalaciones en Port Arthur.

La Grand Trunk Pacific Railway (ferrocarriles "gran vagón" del pacífico) empezó la construcción de sus instalaciones en la Misión de Fort William en 1905, y el gobierno federal empezó la construcción del "ferrocarril transcontinental nacional" (National Transcontinental Railway ahora operado por Canadian National).

Ambas, Fort William y Port Arthur, eran partidarias de la propiedad municipal.

La manufactura se reanudó en 1937 cuándo las plantas de las compañías Canada Car y Foundry abrieron nuevamente para construir aviones para los británicos.

Tanto Port Arthur como Fort Williams lograron su designación como ciudades en 1907 existían rumores de que Port Arthur había solicitado la anexión de Fort Williams cuando solicitó su candidatura a ciudad.

[5]​ Saul Laskin fue el primer alcalde de la nueva ciudad conformada por Fort William, Port Arthur, Neebing y McIntryre.

Marie con Thunder Bay; se ha disminuido de manera significativa la actividad ferroviaria y naval.

Por ende la ruta marítima San Lorenzo no ha estado a la altura de las expectativas.

La ciudad es gobernada por un alcalde y doce concejales, que ocupan su cargo por un periodo de 4 años.

En el periodo 2006 a 2010, el ayuntamiento de Thunder Bay está conformado por: la alcaldesa Lynn Patterson; los concejales generales Rebecca Johnson, Larry Hebert, Frank Pullia, Aldo Ruberto e Iain Angus; y los concejales distritales Andrew Foulds (Current River), Trevor Ciertuga (McIntyre), Robert Tuchenhagen (McKellar), Linda Rydholm (Neebing), Mark Bentz (Northwood), Brian McKinnon (Red River) y Joe Virdiramo (Westfort); además, Thunder Bay es representado en el Parlamento de Canadá por Bruce Hyer y John Rafferty, ambos miembros del Nuevo Partido Democrático, y en la legislatura de Ontario por Michael Gravelle y Bill Mauro, miembros del Partido Liberal de Ontario.

[10]​ Thunder Bay tiene cinco ciudades hermanas en tres continentes, mismas que son seleccionadas basadas en su economía, cultura y criterios políticos.

La bahía Thunder, que le da nombre a la ciudad; es extensa, de aproximadamente 22,5 kilómetros, desde el centro de Port Arthur hasta Thunder Cape en la punta del gigante durmiente.

El territorio adyacente a la parte baja del río Kaministiquia se convirtió en zona residencial y en el distrito empresarial central del pueblo y ciudad de Fort William.

También ha habido un crecimiento residencial considerable en las áreas contiguas a las antiguas municipalidades de Neebing y McIntyre.

El clima de Thunder Bay está influenciado por el Lago Superior, fenómeno especialmente notable en el extremo norte de la ciudad, resultando en veranos con temperaturas más frescas y en inviernos más cálidos en un área que se extiende 16 km tierra adentro.

[26]​ Otros grandes generadores de trabajo en el sector forestal son las compañías Abitibi-Consolidated y Buchanan Forest Products.

Bombardier Transportation tiene una planta en operación en Thunder Bay la cual fabrica vehículos y equipo para el transporte masivo, dando empleo a aproximadamente 800 personas.

En un esfuerzo por revitalizar su economía, la ciudad ha estado trabajando activamente en atraer industrias cuaternarias (industrias altamente intelectuales, como investigación o desarrollo), principalmente en el campo de la medicina molecular y genética.

El teatro profesional más grande es el Teatro Magnus, que fue fundado en 1971 y ofrece seis obras cada temporada; está localizado en la renovada escuela pública de Port Arthur en la carretera del Río Rojo.

[36]​ Thunder Bay tiene una gran vida musical, pues en la ciudad se celebran cada año numerosos conciertos, muchos de ellos nocturnos.

El festival se lleva a cabo en septiembre en la calle Bay Street 314 en el histórico Finnish Labour Temple.