Un hecho notable en la biografía de Thomas fue cuando Bruce cae a través de una fisura en la propiedad Wayne, en lo que algún día se convertiría en la Baticueva (a veces la fisura se reemplaza por un pozo abandonado).
En Batman: The Long Halloween, un flashback revela que Thomas Wayne salvó la vida del gánster Carmine Falcone.
Sin que Thomas lo supiera, el joven Bruce vio todo esto en silencio desde lejos.
Años más tarde, Bruce contempla si Gotham hubiera estado mejor si su padre hubiera dejado morir a Falcone; Alfred responde que Thomas habría ayudado a cualquiera que lo necesitara.
[4] Durante Batman R.I.P., se alega que Thomas Wayne y Martha Wayne llevaban una doble vida, participando secretamente en actividades criminales, abuso de drogas y orgías, al tiempo que presentaban una fachada de respetabilidad al mundo exterior.
El doctor Simon Hurt, jefe de The Black Glove y el autor intelectual detrás de Batman R.I.P., en realidad afirma ser Thomas Wayne para Bruce Wayne y Alfred Pennyworth.
Aunque ambos lo reprenden sin dudarlo, Hurt nunca abandona explícitamente el reclamo.
[5] Las cosas llegan a un punto crítico cuando Hurt regresa a la ciudad, alegando ser Thomas Wayne para tomar el control de la Mansión Wayne y establecerse como el nuevo Batman, pero Grayson y Damian lo superan.
Roba esta y otras partes del cuerpo en un intento desesperado por revivir a su amado padre de la muerte.
En la novela gráfica escrita por Geoff Johns y con arte de Gary Frank, Batman:Tierra uno, Thomas Wayne era un médico que se postuló para alcalde contra Oswald Cobblepot.
Cobblepot había intentado organizar el asesinato de su oponente durante la salida de este último al cine con su familia, pero un asaltante los atrapó primero y mató a Thomas y su esposa.
Al igual que su contraparte original, se casó con Martha Kane y engendró a Bruce Wayne.
Sin embargo, esta versión también tuvo un segundo hijo llamado Thomas Wayne Jr.
Después de que Martha y Bruce fueron abatidos a tiros por un policía corrupto cuando Thomas Sr. se negó a acompañarlo para interrogarlo porque Thomas Wayne había realizado una "operación médica ilegal" se convierte en Owlman para vengarse del sistema de justicia.
El comisario de la NKVD, Pyotr Roslov, los ejecuta en su casa por imprimir y distribuir panfletos anticomunistas.
Sin embargo, los observó desde lejos y trató de involucrarse lo más que pudo, particularmente con su hija Helena.
[19] Thomas Wayne en esta película es retratado con mucha menos simpatía que en otras encarnaciones.
Cuando Arthur se escabulle entre bastidores en un evento y se enfrenta a Wayne, quien refuta la acusación alegando que no hubo una aventura y Penny adoptó a Arthur antes de ser institucionalizado (está implícito, aunque no confirmado, que Wayne creó el papeleo de adopción e hizo que Penny se comprometiera para esconderse).
Thomas Wayne aparece en la serie de Batman: Arkham donde Kevin Conroy repite el papel.