Thomas Allofs debutó como futbolista profesional en 1978 a los 19 años de edad con el Fortuna Düsseldorf.
Además consiguió la Copa de Alemania en dos ocasiones.
FC Kaiserslautern, donde permaneció otras cuatro temporadas.
También jugó para el FC Colonia, con quien fue el máximo goleador de la Bundesliga en 1989 con 17 goles.
Finalmente, dos temporadas después, Thomas Allofs se retiró como futbolista.