En 1923, fue contratado finalmente por IG Farben,[2]​ donde se convirtió con rapidez en el jefe de seguridad interna.

En diciembre de 1928, Eicke se inscribió al mismo tiempo en el Partido Nacionalsocialista Obrero Alemán y en las Sturmabteilung (SA), abandonándola en 1930 para pasar a las SS.

Sus cualidades como reclutador, de las que luego hizo gala en las Waffen-SS, le hicieron destacar, especialmente por su aportación para organizar las SS en Baviera.

Sus actividades políticas llamaron la atención hasta tal punto que Eicke fue despedido por IG Farben en 1932.

Proclamaba «su odio contra todo lo que no es alemán ni nacionalsocialista».

El adoctrinamiento permanente y la brutalidad del propio Eicke impidieron todo sentimiento de humanidad en los guardianes: Eicke quería suprimir en las SS todo sentimiento de piedad hacia los internos.

En todos los campos se practicó una violencia y una crueldad controladas y disciplinadas, un sistema del espanto perfectamente organizado, que prosiguió después de la salida de Eicke.

Eicke, sin embargo, parecía ser apreciado por sus subordinados, lo que probablemente explique su sobrenombre.

[15]​ Cuando los guardianes detenían a un recluso tras una tentativa de fuga, Eicke pedía que se les evitara sufrir un interrogatorio, para no inquietarles.

[18]​ Veló escrupulosamente por el respeto de los drásticos criterios de reclutamiento de las Waffen-SS, sin vacilación para rechazar a candidatos que, aparentemente aceptados, consideraba que no tenían las normas físicas, morales o raciales aptas para las SS.[19]​ Rechazaba igualmente que sus oficiales dejaran la división Totenkopf para reforzar otras unidades.

En el momento de la invasión de Polonia, tres regimientos de la unidad Totenkopf (Oberbayern, Brandenburg y Thüringen) siguieron a las tropas alemanas para "detener a los refugiados recientemente llegados al país y acosar a los elementos hostiles hacia el régimen, es decir, los franco-masones, los judíos, los comunistas, los intelectuales, el clero y la aristocracia".

Todos los soldados son tratados con asco y repugnancia por los crímenes cometidos en Polonia".

Según sus propias palabras: "No podemos llevar a cabo ninguna guerra en el Este con esta clase de vehículos".

Su avión, un Fieseler Fi 156, fue derribado por el Ejército Rojo en los alrededores de Artelnoje.