Como se indica en el nombre del juego, han pasado dos años desde los sucesos de The King of Fighters 2001, en el que K` y su equipo derrotaron al jefe del NESTS, Igniz, y sus integrantes (The King of Fighters 2002 no entra en la continuidad oficial de la serie).
Entre los nuevos integrantes se encuentra Ash Crimson, vital para la nueva saga que llevaría su nombre, Tizoc, Gato (ambos procedentes de la entrega "Garou: Mark Of The Wolves"), Malin y Duo Lon, entre otros.
Team K Team Three Sacred Treasures Jefes El equipo de los Tres Tesoros Sagrados y de K' derrotan a Mukai, quien explica que el torneo era solo una prueba, y huye transportándolos a otro lugar.
Poco después, Shingo se niega a seguir siendo la sombra de Kyo y se burla de él, por lo que este le da una paliza a Shingo.
Leona sufre el disturbio de la sangre otra vez, pero es intervenida por sus compañeros Ralf y Clark.