En esta continuación no forma parte del equipo Klaus Janson, el entintador de la anterior entrega.
Mientras tanto, el caballero oscuro (Batman) le encarga a Carrie Kelly, la anterior Robin durante The Dark Knight Returns y actualmente Batgirl, rescatar a todos los héroes vivos atrapados por los dos genios del crimen y por Superman: Atom, Flash, Martian Manhunter, etc.
Simultáneamente, el Hombre de Acero integra un equipo con Wonder Woman, con quien secretamente tiene una hija, y el Capitán Marvel.
Hablando sobre la recepción negativa que recibió Batman: The Dark Knight Strikes Again, Frank Miller dijo en 2006: "Esperaba un shock.
Frank Miller confirmó más tarde que The Master Race no sería la conclusión final y estaba comenzando a trabajar en una cuarta serie.