Se graduó en la Academia del Ejército Imperial Japonés con la mejor nota de su promoción en 1904, y haría lo propio en la Escuela de Guerra del Ejército en 1911.

En su regreso a Japón en febrero de 1923, fue asignado al Estado Mayor del Ejército Imperial Japonés, sirviendo en diferentes puestos.

En 1927 fue ascendido a coronel y se le dio el mando del 3.er Regimiento de Infantería; posteriormente, en 1932, fue ascendido a mayor general y recibió el mando de la 1.ª Brigada de Infantería al año siguiente, en 1933.

Por entonces Nagata era un destacado miembro de la facción política Tōseiha dentro del Ejército.

Nagata fue ascendido póstumamente a teniente general, y su asesino fue ejecutado por un pelotón de fusilamiento.