Los Estados Unidos entregaron una parte significativa del Territorio de Misuri a España a cambio de la Florida española.

Desde 1812 hasta 1821, San Luis fue la capital del territorio.

[1]​ La parte restante del territorio, compuesto por los actuales estados de Iowa, Nebraska y las Dakotas, la mayoría de Kansas, Wyoming y Montana, y partes de Colorado y Minnesota, se convirtió de hecho en un territorio no organizado después de que Misuri se convirtió en un estado.

En 1834, la parte este del río Misuri se unió al Territorio de Míchigan.

Con el tiempo, varios territorios fueron creados en su totalidad o en parte de su superficie restante: Iowa (1838), Minnesota (1849), Kansas y Nebraska (ambos 1854), Colorado y Dakota (ambos 1861), Idaho (1863), Montana ( 1864), y Wyoming (1868).