Se consideraba una subespecie de Terrapene carolina.

[1]​ En la región se le llama comúnmente tortuga de caja amarilla, ya que las hembras tienen las patas y la cabeza amarillas.

En la mayoría, sus caparazones son de color café claro a marrón oscuro, aunque pueden existir ejemplares más oscuros, casi negros.

A los machos, en la edad adulta, se les queda la cabeza de color blanco (este es un modo fácil de diferenciarlos de las hembras), son más pequeños y sus colas son más las largas y anchas.

La tortuga terrapene yucatana tiene cinco dedos en las patas delanteras y cuatro en las traseras.