[1]​ Es reconocido por sus investigaciones sobre el blanqueamiento mundial de los corales causado por el cambio climático.

[5]​ Fue nombrado profesor en 2000 y estableció el Centre of Excellence for Coral Reef Studies del Consejo de Investigación Australiano (ARC) en 2005.

[8]​ Su trabajo más reciente (2020) se ha centrado en la ecología marina, la macroecología, el cambio climático, la identificación de fronteras planetarias seguras para el desarrollo humano y en la gobernanza transformadora del mar en Australia, Chile, China, las Islas Galápagos, el Golfo de Maine y el Triángulo de Coral.

[21]​ Hughes fue co-ganador del Premio John Maddox 2018, otorgado por Nature y Sense about Science.

[1]​En 2020, el profesor Hughes y su equipo publicaron un estudio que mostró que la Gran Barrera de Coral perdió más del 50% de sus corales entre 1995 y 2017.