Se disputa el Torneo Apertura y el Torneo Clausura con 6 grupos (Oriental, Central 1, Central 2, Occidental 1, Occidental 2 y Andino), los primeros de cada grupo del Torneo Apertura recibirán 3 puntos para el Torneo Clausura y los primeros de cada grupo del Torneo Clausura clasifican a la Segunda División B de Venezuela y disputan la ronda final con 2 grupos (Oriente y Occidente) a partido único clasificando los primeros de cada grupo a la final a doble partido.

Los equipos participantes en la Temporada 2008-09 de la Tercera División del Fútbol Venezolano son los siguientes: Grupo Oriental: Grupo Central 1: Grupo Central 2: Grupo Occidental 1: Grupo Occidental 2: Grupo Andino: El Torneo Apertura 2008 es el primer torneo de la Temporada 2008-09 en la Tercera División de Venezuela.

Leyenda: PTS (Puntos), J (Juegos), G (Ganados), E (Empatados), P (Perdidos), GF (Goles a Favor), GC (Goles en Contra), DG (Diferencia de Goles).

El Torneo Clausura 2009 es el segundo torneo de la temporada 2008/09 en la Tercera División de Venezuela.

Las semifinales se disputaron en dos triangulares,[2]​ para definir los dos finalistas.