En bioinformática, T-Coffee (del inglés Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation; en español: función objetivo de coherencia basada en árbol para evaluación de alineamientos) es un software para el alineamiento múltiple de secuencias, utilizando un enfoque progresivo.
Puede combinar, también, alineamientos múltiples obtenidos previamente y, en las últimas versiones, puede usar información estructural de archivos PDB (3D-Coffee).
Tiene características avanzadas para evaluar la calidad de los alineamientos, así como algunas capacidades para identificar la ocurrencia de motivos (Mocca).
Soporta formatos FASTA y PIR para datos de partida.
El formato que T-Coffee denomina "Clustal" es lo bastante diferente del formato de salida de ClustalW/X como para que muchos programas que soportan el formato de Clustal no puedan leerlo; afortunadamente, ClustalX puede importar salidas de T-Coffee, por lo que una sencilla solución para este punto en cuestión es importar la salida de T-Coffee en ClustalX y re-exportarla.