Sin embargo, sólo la mitad de la población mundial abarca el chip, mientras que los unchipped son abandonados y se les niega los mismos beneficios que ofrece sus contrapartes.
Aunque sorprendido por la traición de Lily, Denham decide tener a Kilo y Merit bajo vigilancia ya que es demasiado valioso como para simplemente eliminar.
Kilo aprehende a Lily, y (dependiendo de la elección del jugador) puede matarla o dejarla ir.
En la HQ de Eurocorp en Nueva York, Denham y Merit creen que Kilo tiene una muerte cerebral y lo mandan a ser reiniciado mientras planean recuperar el chip de Lily como cualquier información útil sobre DART 6.
Kilo pronto comienza a recordar su pasado secreto: él descubre que Denham dirigió un equipo Eurocorp para matar a sus padres y secuestrarlo siendo un bebé, ya que tenía los genes perfectos para convertirse en un agente.
Ahora, sabiendo la verdad, Kilo escapa de sus ataduras y rescata a Lily.
Una vez que se llega a la cima de la torre, Kilo se ve obligado a luchar con Merit y otros dos agentes, quienes están bajo las órdenes de Denham para matarlo.
Al no tener escapatoria, Denham se deja caer sobre una repisa donde muere.
Ahora un hombre libre y con Eurocorp en ruinas, Lily le da una pistola a Kilo, quien le dice que ahora depende de él decidir lo que quiere hacer a continuación.