La Superliga de Eslovaquia 1998/99 fue la sexta edición de la Superliga eslovaca de fútbol.
Participaron 16 equipos, y el Slovan Bratislava ganó su cuarto campeonato.
El goleador fue Martin Fabuš, del Ozeta Dukla Trenčín.
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de gol; Pts = Puntos