Tras una gran trayectoria profesional como jugador Baxter regresó a Escandinavia para comenzar su carrera como entrenador para trabajar con el equipo juvenil de Örebro SK.
En 1998, Baxter regresó a Suecia para firmar en el AIK, donde los guio al campeonato sueco.
Después de dos temporadas, se marchó a Noruega para dirigir al FC Lyn Oslo.
En 2002 Baxter fue contratado por la Football Association para entrenar al equipo de Inglaterra Sub-19.
Más tarde tuvo otro breve período en el Vissel Kobe antes de regresar a Helsingborg, esta vez como entrenador en 2006.
Durante el otoño de 2010, la selección nacional de Finlandia perdió partidos importantes contra Moldavia y Hungría, pero Baxter se negó a dimitir.