[3]​ Stephan y su novia, Andrea Brown, se casaron el 30 de octubre de 2009 en la Toscana, Italia.

[4]​ La pareja tuvo un hijo, Griffin.

Fuera de competición, Bonnar realizó un trabajo de programación televisado comentando MMA, especialmente sirviendo como comentarista del WEC en 2010, asistiendo a cinco de sus últimos siete eventos.

También hizo apariciones como analista en la serie de ESPN2 MMA Live y para emisiones de UFC en las cadenas de televisión Fox.

De acuerdo con la UFC, Bonnar falleció por «posibles complicaciones cardiacas mientras trabajaba».