Los equipos de los Bonnies participan en las competiciones universitarias organizadas por la NCAA, y forman parte de la Atlantic 10 Conference.

Los Bonnies tienen 14 equipos oficiales: El equipo del baloncesto masculino es el más popular de todos en San Buenaventura, y de los que más y mejor afición tienen.

Han llegado en 5 ocasiones al torneo de la NCAA, obteniendo su mejor clasificación en 1970, de la mano de su estrella Bob Lanier, consiguiendo acceder a la Final Four.

Además de Lanier, otros quince jugadores de los Bonnies han llegado a la NBA.

[1]​ Mantienen una rivalidad especial con los Niagara Purple Eagles y con los Canisius Golden Griffins.