Los métodos de soporte más utilizados son el Soporte de Bremer o decay index, el Bootstrap, el Jackknife y el aLRT (Approximate Likelihood-Radio Test).
Hay dos formas de realizar este proceso: Con ambos métodos es necesario repetir el proceso varias veces, ya que con el primer método es necesario sacar todos los cladogramas con todos los pasos y con el segundo hay que hacerlo con todas las ramas.
Bootstrap es el método más utilizado para parsimonia y máxima verosimilitud.
Así, si una rama presenta más del 50% quiere decir que ésta es fiable.
El método Jackknife se puede usar en parsimonia, mínimas distancias y máxima verosimilitud.
El método aLRT (siglas en inglés de Approximate Likelihood-Ratio Test) es un análisis alternativo al bootstrap mucho más rápido y se basa en el método LRT (siglas en inglés de Likelihood-Ratio Test).