Luego de haber estado perdida por milenios, el arma, llamada Gizoid, fue desenterrada e investigada por el profesor Gerald Robotnik.
Frustrado por no poder hacer funcionar el arma, Eggman la tira en Emerald Beach... donde es descubierta nuevamente, esta vez por el héroe del planeta, Sonic the Hedgehog.
Mediante sus encuentros con Sonic establece un "enlace" que hace que Emerl sea su compañero; Sonic, al no saber cómo se dio tal "enlace" con Emerl, decide ir a preguntarle a Tails sobre el funcionamiento de este.
A medida que se avanza en el juego, se relata la historia de Emerl en episodios, los cuales están relacionados con otros personajes como Knuckles, Amy, Cream, Rouge, y Shadow.
Pero mientras la pandilla se divierte criando a su nuevo juguete mecánico, hay otros que ven el verdadero poder de Emerl.