Es el club representativo del barrio bilbaíno de Begoña, que antiguamente era un municipio independiente.
Además de los equipos que se fusionaron ya existían otros clubes en Begoña entre ellos el Sporting Begoñés, futuro Santutxu FC.
Al poco de fundarse cambia su nombre por el de Sociedad Deportiva Begoña, que perdura hasta la actualidad.
En 1947 empezó a jugar en el Campo Fútbol de Mallona, situado cerca del Casco Viejo de Bilbao y que es su hogar hasta la actualidad.
El Begoña permaneció 5 temporadas en la Tercera división española, entre 1953 y 1958.