La ciudad de Bujará era un importante centro comercial y cultural del Imperio jorezmita, pero al estar ubicado lejos de la frontera con los mongoles, el sah le había asignado una relativamente pequeña guarnición.Los artesanos más hábiles fueron perdonados y se reclutaron a hombres para auxiliar al ejército.[11] Ibn al-Faqīh al-Hamadānī afirmaba que Bujará tenía defensas similares a las de Samarcanda.Una muralla exterior con 12 puertas de madera cada 12 farasij daba protección a 6000 parcelas arables, suburbios y tierras irrigadas.[12][13] El historiador Al-Masudi decía que la muralla intermedia fue construida a 3 farasij de la urbe por reyes sogdianos y reparada extensamente por orden del califa Al-Mahdi.[21] También la ubica entre las ciudades de la región que tenían más de cuarenta mil habitantes en 1200[29] y, aunque no da números específicos, da a entender que pasaba los cincuenta mil.[nota 3] Según R. W. Bulliet, Isfahán, Ray, Nishapur, Merv, Bujará, Samarcanda, Balj y posiblemente otras urbes superaban los cien mil habitantes.[34] Nominalmente vasallos del Janato de Kara-Jitai, los karajánidas se les permitía operar autónomamente por la gran población y territorio que controlaban.Indignado, Gengis Jan abandonó su guerra en curso con las dinastía yurchen Jin y concentró la mayor parte de su ejército en el oeste, dejando sólo un pequeño destacamento a cargo de su noyan (general) Mujulai.[45] Muchos de sus lugartenientes deseaban que buscara una batalla campal, pero se vería superado por los mongoles en número y habilidad.Historiadores modernos H. Desmond Martin y Timothy May han clasificado esta maniobra como una obra maestra operativa.Dado que estaba lejos del presunto teatro de guerra, a Bujará se le asignaron relativamente pocas tropas.[53] Ali ibn al-Athir, otro cronista, afirmaba que el sah había ubicado en la ciudad 20 000 jinetes.[54] Basado en las crónicas del ya mencionado Nasawi y de Rashid-al-Din Hamadani sobre el número de defensores caídos,[55][56] Mominov estimó que la guarnición contaba con 30 000 soldados de a pie y a caballo;[19] el orientalista Aleksandr Yakubovsky aceptó esta última cifra, aunque también menciona que otras fuentes la reducen a 12 000,[57] como Minhaj-i Siraj Juzjani, aunque este último afirma que se refiere sólo a la caballería jorazmia.[60] El sah había intentado establecer una línea defensiva al sur del río Sir Daria (Yaxartes), pero con este movimiento los mongoles se acercaron a donde estaba su ejército de campaña y le impidieron reforzar fuertes y ciudades.[61] Juvayni registra que la guarnición en Bujará estaba comandada por un hombre llamado Gür Jan;[53] el historiador de principios del siglo XX, Vasili Bartold, sugirió que podría haber sido Yamuja, un viejo amigo convertido en enemigo de Gengis Jan.[62] Historiadores más recientes lo consideran poco probable, pues se asume generalmente que Yamuja fue ejecutado en 1206.Juvayni registra que fueron aniquilados cuando llegaron a las orillas del río Amu Daria (Oxus) por las avanzadas mongolas, dejando una planicie llena de sangre.[69][70] Sverdrup estima que el 28 de febrero la ciudadela cayó y sus 400 defensores fueron pasados a cuchillo.[77] Aunque todos los que estaban en la ciudadela fueron masacrados, la población no fue completamente exterminada, a diferencia de Merv o Gurganj.[55] El sah Mohamed II huyó hasta morir en una isla del mar Caspio, mientras los mongoles asediaron y tomaron una por una todas las ciudades de su imperio.[82] Rápidamente se establecieron elementos protoburocráticos bajos los auspicios del daruyachi Yelü Ahai.
Mapa de la expansión del Imperio mongol durante el reinado de Gengis Jan, con el territorio original de su confederación tribal (rojo) y las conquistas realizadas en su vida (rosado).
Minarete Po-i-Kalyan en Bujará, sobrevivió al asedio y el saqueo.
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