La ciudad de Bujará era un importante centro comercial y cultural del Imperio jorezmita, pero al estar ubicado lejos de la frontera con los mongoles, el sah le había asignado una relativamente pequeña guarnición.

Los artesanos más hábiles fueron perdonados y se reclutaron a hombres para auxiliar al ejército.

[11]​ Ibn al-Faqīh al-Hamadānī afirmaba que Bujará tenía defensas similares a las de Samarcanda.

Una muralla exterior con 12 puertas de madera cada 12 farasij daba protección a 6000 parcelas arables, suburbios y tierras irrigadas.

[12]​[13]​ El historiador Al-Masudi decía que la muralla intermedia fue construida a 3 farasij de la urbe por reyes sogdianos y reparada extensamente por orden del califa Al-Mahdi.

[21]​ También la ubica entre las ciudades de la región que tenían más de cuarenta mil habitantes en 1200[29]​ y, aunque no da números específicos, da a entender que pasaba los cincuenta mil.

[nota 3]​ Según R. W. Bulliet, Isfahán, Ray, Nishapur, Merv, Bujará, Samarcanda, Balj y posiblemente otras urbes superaban los cien mil habitantes.

[20]​ La historiadora canadiense Maria Subtelny también creía que la urbe contaba con cuarenta a cincuenta mil habitantes, pero en el siglo XII.

[35]​ Nominalmente vasallos del Janato de Kara-Jitai, los karajánidas se les permitía operar autónomamente por la gran población y territorio que controlaban.

Indignado, Gengis Jan abandonó su guerra en curso con las dinastía yurchen Jin y concentró la mayor parte de su ejército en el oeste, dejando sólo un pequeño destacamento a cargo de su noyan (general) Mujulai.

[46]​ Muchos de sus lugartenientes deseaban que buscara una batalla campal, pero se vería superado por los mongoles en número y habilidad.

Historiadores modernos H. Desmond Martin y Timothy May han clasificado esta maniobra como una obra maestra operativa.

Dado que estaba lejos del presunto teatro de guerra, a Bujará se le asignaron relativamente pocas tropas.

[54]​ Ali ibn al-Athir, otro cronista, afirmaba que el sah había ubicado en la ciudad 20 000 jinetes.

[55]​ Basado en las crónicas del ya mencionado Nasawi y de Rashid-al-Din Hamadani sobre el número de defensores caídos,[56]​[57]​ Mominov estimó que la guarnición contaba con 30 000 soldados de a pie y a caballo;[19]​ el orientalista Aleksandr Yakubovsky aceptó esta última cifra, aunque también menciona que otras fuentes la reducen a 12 000,[58]​ como Minhaj-i Siraj Juzjani, aunque este último afirma que se refiere sólo a la caballería jorazmia.

[61]​ El sah había intentado establecer una línea defensiva al sur del río Sir Daria (Yaxartes), pero con este movimiento los mongoles se acercaron a donde estaba su ejército de campaña y le impidieron reforzar fuertes y ciudades.

[62]​ Juvayni registra que la guarnición en Bujará estaba comandada por un hombre llamado Gür Jan;[54]​ el historiador de principios del siglo XX, Vasili Bartold, sugirió que podría haber sido Yamuja, un viejo amigo convertido en enemigo de Gengis Jan.

[63]​ Historiadores más recientes lo consideran poco probable, pues se asume generalmente que Yamuja fue ejecutado en 1206.

Juvayni registra que fueron aniquilados cuando llegaron a las orillas del río Amu Daria (Oxus) por las avanzadas mongolas, dejando una planicie llena de sangre.

[70]​[71]​ Sverdrup estima que el 28 de febrero la ciudadela cayó y sus 400 defensores fueron pasados a cuchillo.

[78]​ Aunque todos los que estaban en la ciudadela fueron masacrados, la población no fue completamente exterminada, a diferencia de Merv o Gurganj.

[56]​ El sah Mohamed II huyó hasta morir en una isla del mar Caspio, mientras los mongoles asediaron y tomaron una por una todas las ciudades de su imperio.

[83]​ Rápidamente se establecieron elementos protoburocráticos bajos los auspicios del daruyachi Yelü Ahai.