Siniša y su familia emigran a los Estados Unidos en 1999 para escapar la guerra en Bosnia.

En el 2002 va a la Universidad de Illinois-Chicago para empezar su primera temporada en el fútbol colegial de Estados Unidos.

Durante su estancia en el fútbol colegial juega con Cleveland Internationals, y el equipo juvenil de Chicago Fire.

Tras su exitosa trayectoria colegial ficha por Red Bull New York con quien debutó en el fútbol profesional en 2007.

En la temporada 2008 Ubiparipović, jugando de medio centro, se convierte en un jugador importante en la plantilla ayudando al club a llegar a MLS Cup.