Hace tres años, un fenómeno misterioso ocurrió en Tokio, y cientos de personas desaparecieron sin dejar rastro.

Hoy la ciudad es conocida simplemente como "Lost", y la entrada está prohibida mientras el gobierno trata de averiguar qué sucedió.

La única sobreviviente del evento es una adolescente llamada Yuki, y en los años intermedios ha sido sometida a una variedad de pruebas por razones no reveladas.

Ahora, un grupo misterioso le ha pedido al mensajero Takuya que la libere del alcance de sus captores y la lleve a Lost, como lo pide un mensaje codificado que dice ser de su padre.

Takuya acepta el trabajo, pero el grupo conocido como La Agencia no va a dejar que Yuki se vaya sin luchar, y puede costarle la vida.