Durante la Gran Guerra Patria Zalyguin fue hidrólogo en Siberia.

Fue el redactor jefe de la revista literaria Novy Mir (Mundo Nuevo) desde el año 1986 al 1998.

Durante este período publicó en la revista la famosa novela Doctor Zhivago de Borís Pasternak y de otros escritores prohibidos, incluyendo a Vladímir Nabókov, Joseph Brodsky y Aleksandr Solzhenitsyn (Archipiélago Gulag).

Serguéi Zalyguin fue galardonado con el Premio Estatal de la URSS por su novela mayor "El barranco salino" (Soliónaia pad, 1967).

En 1988 le fue concedido el Héroe del Trabajo Socialista.