Serguéi Kozlov debutó como futbolista profesional en 1979 a los 19 años de edad con el FC Smena Komsomolsk del Amur.
Tras tres temporadas en el club, Kozlov fichó por el FC SKA-Energiya Jabarovsk, donde jugó 255 partidos en los que marcó 20 goles durante las seis temporadas que jugó en el club.
Tras un paso de cuatro años en el FC Okean Najodka, Kozlov volvió al FC SKA-Energiya Jabarovsk para finalizar su etapa como futbolista profesional en 1996 a los 36 años de edad.
Nueve años más tarde, el FC Okean Najodka le fichó como entrenador del primer equipo.
También entrenó al FC SKA-Energiya Jabarovsk, último club que entrenó, hasta 2009.