Juanma Lillo utilizó al riojano bastante durante la temporada 2008-09, en la que el club se quedó bastante lejos de disputar el ascenso.
Sin embargo en su segunda temporada fue utilizado solo ocasionalmente y como recambio por el nuevo entrenador, Martín Lasarte.
Sergio jugó unos minutos en el histórico partido que certificó el ascenso realista en la penúltima jornada de Liga ante el Celta.[2].
Ese partido supuso su despedida ante la afición txuri-urdin, ya que la dirección técnica del club decidió no renovarle su contrato; lo que privó al jugador de debutar la temporada siguiente en la Primera División.
Tras la temporada 2020-21 al frente del equipo y no siendo capaz de lograr la permanencia (llegó con oportunidades matemáticas de salvarse hasta la última jornada) fue destituido del cargo,[8] pasando a ser director deportivo en la misma entidad.