En 1421 se unen los dos monasterios jerónimos de Monte Corbán y Santa Catalina.

La portada principal barroca se construye en el siglo XVII, a finales del siglo XVIII se terminan las obras de ampliación con el claustro nuevo y la escalera principal.

[2]​ A mediados del siglo XIX tras la exclaustración de los jerónimos se convierte en seminario.

Destacó por sus donativos para la reconstrucción D. Manuel Lainz y Ruiz del Pumar, alcalde de Santander en 1930.

[8]​ En 1977 el obispo Juan Antonio del Val nombró como rector de la casa a Carlos Osoro Sierra que volvió a abrir sus puertas hasta el día de hoy.