[3]​ El 16 de octubre de 2015, Palestina presentó una denuncia ante la FIFA tras empatar a uno con Timor Oriental, que había alineado a siete futbolistas de origen brasileño contrario al reglamento.

En marzo de 2003, la selección juega su primer partido internacional y participa por primera vez en un torneo internacional en la Copa Tigre 2004, siendo eliminada en primera fase.

Desde que jugó su primer partido, en 2003, no ganó hasta el 5 de octubre de 2012, cuando goleó 5-1 a Camboya en Rangún, Birmania.

Luego de apabullar a Camboya, la selección no paró de mejorar, ya que luego de eso le ganó 3-1 a Laos[5]​ y de no ser por Brunéi que le ganó 2-1 a Timor Oriental hubiese clasificado al campeonato del sudeste de Asia de 2012, ya que con un empate clasificaba, luego para el campeonato del sudeste de Asia 2014 solo pudo ganarle a Brunéi por 4-2, y para la del 2016 perdió sus 3 partidos.

Para la clasificación al Mundial de Rusia 2018, Timor Oriental apabullo a su similar de Mongolia por 4-1 como local[6]​ y remato 0-1 como visitante, dejando a la débil selección de Mongolia eliminada,[7]​ a pesar de perder 0:10 ante la Arabia Saudita y 0-8 con los Emiratos Árabes Unidos,[8]​ pudo sacar 2 notorios empates ante Malasia[9]​ y Palestina,[10]​ selecciones ampliamente superiores a la de Timor Oriental, y rumbo a la Copa Asiática Emiratos Árabes 2019, perdió 3-0 sus dos partidos ante Malasia[11]​ y tuvo que esperar al perdedor entre Camboya y China Taipéi que resultó ser China Taipéi tras empatar 2-2 como local y perder 2-0 como visitante, a pesar de las buenas actuaciones de Timor Oriental en previos partidos, no pudo ganarle a su similar de China Taipéi perdiendo 2-1 ambos partidos, en ambos jugó como local China Taipéi ya que el estadio de Timor Oriental no estaba en buen estado.