Durante 1988 tuvo su segunda participación en la Copa Africana, donde tampoco superó la primera ronda tras ser derrotado 0:3 a manos de Nigeria y luego perder 0:3 nuevamente frente a Egipto y solo conseguir un empate de 0:0 contra Camerún.Dos años después tuvieron su tercera participación en la Copa Africana donde debuta empatando sin goles contra Senegal, para luego caer derrotados por la mínima a manos de Zambia y ya para terminar la fase de grupos cae derrotado por 0:2 al enfrentar a Camerún.En el año 2004 fue nuevamente partícipe de la Copa Africana celebrada en ese mismo año y en la cual debuta perdiendo por 1:3 frente a Malí, para luego ser goleado por 0:3 frente a Senegal y ya para terminar la fase de grupo salva una victoria de 3:0 frente a Burkina Faso.La FIFA suspendió a Kenia de todas las actividades futbolísticas durante 3 meses en 2004, debido a la interferencia del gobierno en las actividades futbolísticas.La prohibición se revocó después de que el país acordó crear nuevos estatutos.
