La Comisión Nacional de Protección Social en Salud, comúnmente llamada el Seguro Popular, fue una política pública que buscaba, a través del aseguramiento público en salud, brindar protección financiera a la población que carece de seguridad social, asegurando su acceso a servicios de salud.

El Seguro Popular se insertó en el Sistema Nacional de Salud [SNS] de México, compuesto por la seguridad social, los servicios públicos y los servicios privados.

[1]​ Esto se debe a la informalidad del mercado laboral del país que deja sin seguridad social a más de la mitad de los trabajadores y sus familiares.

Un actor que tuvo amplia participación en la creación del Seguro Popular fue el doctor Julio Frenk Mora, quien, pese a la oposición que enfrentó por parte del IMSS, logró que la protección financiera se reconociera como uno de los tres retos fundamentales del Pronasa 2000-2006.

Desde su origen, el Seguro Popular se concibió como una política pública descentralizada basada en la coordinación intergubernamental, combinando el financiamiento federal y la provisión descentralizada en los sistemas de salud de las entidades federativas.

Solo en dos casos, Baja California y Veracruz, los REPSS tienen un grado mayor de autonomía, pues se instituyeron como organismos públicos descentralizados.

La CNPSS establece los lineamientos generales para hacerlo, pero corresponde a los módulos de afiliación y orientación [MAO] de los REPSS identificar e incorporar beneficiarios, promover y difundir el Seguro Popular, así como integrar y actualizar el padrón de beneficiarios.

Este proceso es complejo porque, en general, los afiliados no están interesados en realizar este trámite y, si no se reafilian, los recursos transferidos vía Seguro Popular disminuirían para los gobiernos estatales.

Según Flamand y Moreno, en la práctica, aun con variaciones entre las entidades, la afiliación y la re-afiliación han sido procesos muy exitosos debido al incentivo económico que implican.