Entre el 2001-02 temporada y temporada 2005-06, la liga se dividió en dos divisiones, una que es la segunda Liga del Norte de Croacia y el otro es el sur de Croacia Segunda Liga.

Cada una de estas dos ligas, consistente en doce equipos que juegan en un sistema más o menos idéntica a la de la 1.HNL.

[1]​ en color verde los clubes ascendidos a la 1.HNL.

- El campeón asciende a la 1.HNL, el segundo clasificado disputa una promoción por otro ascenso.

- En 2011 y 2012 el campeón no ascendió por razones económicas.