Está situado en Čakovec, condado de Međimurje, y juega en la Druga HNL.

El equipo nace en junio de 2003 tomando la plaza de otro club recientemente desaparecido, el NK Omladinac Novo Selo Rok, que disputaba la Druga HNL (Segunda División).

En su primer año el equipo logra el ascenso a la Prva HNL quedando primero en la fase regular.

En la temporada 2006-07 alcanza su mejor posición, un noveno lugar.

El NK Međimurje disputa sus partidos como local en el Stadion SRC Mladost, un campo con capacidad para 7.000 personas, 5.000 de ellas sentadas.