En 1550, Sebastián regresó a la Nueva España y se estableció en la Casa de México.
Durante su tiempo en Jacona, Fray Sebastián se ganó el afecto de los habitantes locales al aprender su lengua y predicar con gran devoción.
La mudanza, aunque inicialmente rechazada, fue finalmente aceptada gracias al respeto que los locales sentían por él.
A pesar de la oposición que enfrentó en Tlazazalca, donde intentó fundar un convento, Fray Sebastián siguió con su labor en Jacona.
Su muerte fue lamentada profundamente por los indígenas y frailes, quienes lo consideraban su guía espiritual.