Sebastián Kimura (Japón 1565 - Japón, Nagasaki 1622) fue un sacerdote mártir de la Compañía de Jesús.Sebastián fue el primer japonés en ser ordenado sacerdote y era nieto del primer converso japonés bautizado por el jesuita Francisco Javier.

Sus padres eran cristianos y el beato Leonardo Kimura era primo suyo.

Tras haber estudiado en Hirado con los jesuitas y haber asistido a un seminario que dirigían en Arima, entró en la Compañía el año 1582 y estudio teología en Meaco.

Al ser un japonés le resultó en un principio fácil camuflarse y se pudo mover con libertad cuando comenzó la persecución, de modo que le fue posible visitar familias cristianas y administrar los sacramentos a los que se hallaban en prisión.

En la cárcel de Suzuta se encontró con Carlos Spínola y otros cristianos.