La carrera como actor de Baker comenzó en el Teatro Guthrie en Minneapolis, donde protagonizó en papeles como A Christmas Carol, Peer Gynt, Hamlet and The Sound of Music.
También protagonizó en Star Trek: Deep Space Nine en el episodio "One Little Ship", como Kudak'Etan.
[1] En 1985 participó en una coproducción hispano-estadounidense del género de terror con el título "descanse en piezas " y dirigida por Jose Ramón Larraz que fue nominada a los Premios Goya por sus efectos especiales.
En 1989, Scott Thompson Baker ganó el premio Soap Opera Digest por Mejor Revelación Masculina, por su papel como Colton en General Hospital.
[2] También tuvo dos nominaciones en 1990, por Mejor Pareja (compartido con Kristina Wagner) y Héroe Sobresaliente por el mismo papel.