En 1779, se convirtió en jefe de la "municipalidad" evangélica y pastor en Ratisbona.Schäffer organizó un gabinete personal lleno de curiosidades, el Museo de Schaefferianum , abierto al público y que el escritor Goethe visitó en 1786 camino del viaje que le llevaría a Italia.Schäffer mantuvo correspondencia con muchos naturalistas incluyendo Carl von Linné (1707-1778) y René Antoine Ferchault de Réaumur (1683-1757).Inventó un modelo primitivo de lavadora, para la que publicó sus diseños en 1767:Die bequeme und höchstvortheilhafte Waschmaschine.La abreviatura Schaeffer se emplea para indicar a Jacob Christian Schäffer como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.
