A los 19 años viajó a Vicenza para realizar la decoración del coro de San Jacopo y otros trabajos en iglesias de dicha ciudad.
Después marchó a Venecia, donde ingresó en el taller de Johann Carl Loth.
En Turín decoró el Palacio del Marqués de Pianezza.
Prunati ocupó un destacado lugar en el gremio de pintores veroneses de su tiempo, en un momento en que la escuela veronesa estaba en franca decadencia.
Junto a él se formaron diversos artistas como Antonio Mela, Felice Torelli, Giambettino Cignaroli, Giovanni Battista Rubini o Felice Cappelletti.