En enero de 1907 parte de los integrantes de la Unión Ciclista Santanderina decidieron empezar a practicar el fútbol los meses que no se organizaban carreras ciclistas.
El club organizó la Copa Santander desde 1907, siendo éste el primer torneo de importancia en la región, venciendo en las ediciones de 1907 y 1910.
El campo del Santander FC se ubicó la Península de la Magdalena, hasta que las obras de construcción del palacio obligaron al equipo a buscar otra sede.
En 1912 se fusionan Real Santander FC y Santander Sporting Club; este último equipo era resultado de la fusión del Comercial y la Sportiva España en 1910.
Varios de sus jugadores pasaron a pertenecer entonces al Real Racing Club de Santander.