Santa Juana Centro se encuentra localizada en la zona norte del municipio de Almoloya de Juárez y forma parte del Valle de Toluca.

Sus coordenadas geográficas son 19°25′37″N 99°45′03″O / 19.42694, -99.75083 y se localiza a 2 596 metros sobre el nivel del mar.

Su principal vía de comunicación es una carretera asfaltada de orden secundario que sirve como accdeso al CEFERSO No.

1 y lo enlaza con la Carretera Federal 55 Toluca-Atlacomulco.

Santa Juana Centro ha sido conocido por albergar en sus inmediaciones la primera cárcel de alta seguridad construida en México, y en donde se encuentra recluidos muchos de los mayores delincuentes del país, Cobró especial notoriedad por encontrarse en ella la casa donde se encontró uno de los extremos del túnel mediante el cual se evadió del penal del narcotraficante Joaquín Guzmán Loera, alias el Chapo Guzmán, el 11 de julio de 2015.