Sandboxie actúa de forma previa a las infecciones en las computadoras equipadas con Windows.

Los programas (navegadores y otros) ejecutados por medio de Sandboxie y los archivos descargados están encerrados en unas réplicas de los directorios normalmente utilizados.

Así, cuando un programa se está ejecutando dentro de Sandboxie, las modificaciones efectuadas no son efectivas en los archivos auténticos, y los parásitos y los bugs encerrados en el interior del contenedor no alteran el sistema operativo.

Además, Sandboxie evita desde la zona que controla toda inyección en el kernel de Windows (driver, DLL).

Bastará con vaciar el contenido del sandbox antes de acabar una sesión de utilización del ordenador para que todos los rastros inútiles o peligrosos aislados en él sean definitivamente borrados del disco: malwares, histórica y contenido del caché de navegación, etc.